Miejscowość znajduje się w południowo-zachodniej części Gminy Komańcza, niedaleko granicy polsko-słowackiej. Dziś są to dwie miejscowości - Stary Łupków, w którym znajduje się wielokulturowy cmentarz z kwaterą z I wojny światowej, austriacki dworzec kolejowy, tunel łupkowski oraz schroniska „Koniec świata” i „Pogodne Szwejkowo”. Podczas II wojny światowej wieś została zniszczona i wysiedlona. Nowy Łupków to osada rozbudowana po II wojnie światowej w wyniku powstania pegieerów i Zakładu Karnego.

Geneza powstania
Wieś założona została na prawie wołoskim 6 sierpnia 1526 roku przez dwóch braci pochodzących ze Szczawnego - Olechna i Iwaska, na mocy przywileju wydanego przez starostę sanockiego Mikołaja Wolskiego. Nazwa wsi wiąże się z potokiem płynącym w tym miejscu. Wieś rozwijała się i w 1565 roku mieszkały tam już 23 rodziny. Wyludnienie miejscowości spowodował najazd Jerzego Rakoczego, który miał miejsce w 1657 r. Zaś w 1687 r. na Łupków napadły bandy węgierskich tołhajów.

W latach 1769-1802 Łupków pełnił rolę obozu Konfederatów Barskich w części zwanej "Łazarównią". Droga z Polski przez Słowację na Węgry stanowiła ważny węzeł komunikacyjny pozwalający na przemieszanie się oddziałów z obozów w Łupkowie, Lipowcu i Barwinku. Od połowy XIX do 1946 roku Łupków stanowił włości greckokatolickiego biskupstwa w Przemyślu.

W XIX i podczas I wojny światowej
W 1872 roku we wsi wybudowano stację kolejową na trasie kolei łączącej Budapeszt z Przemyślem i ze Lwowem. Przy stacji powstał urząd pocztowy i telegraficzny. Dwa kilometry na wschód powstała stacja Nowy Łupków, a przy niej z czasem wyrosła osada kolejarska. Wybudowano również wąskotorową kolejkę leśną. W Nowym Łupkowie mieścił się jej zarząd. Tam również dokonywano przeładunku drewna na kolej normalnotorową. Była to inwestycja ważna i strategiczna dla austro-węgierskiej monarchii pod względem wojskowym. Miała służyć sprawnemu transportowi wojsk i zaopatrzenia do podprzemyskiej twierdzy w razie konfliktu z Rosją. W 1880 roku na stacji w Łupkowie, galicyjscy urzędnicy przygotowali uroczyste pożegnanie powracającemu do Wiednia z podróży po Galicji, cesarzowi Franciszkowi Józefowi I. Wydarzenie to uwiecznił na płótnie malarz Wojciech Kossak. Dzieło nosi tytuł "Pożegnanie cesarza w Łupkowie".

W tamtym okresie został wybudowany w Łupkowie tunel o długości 642 m przebiegający przez Przełęcz Łupkowską, będącą w owym czasie swoistą bramą do Galicji. Tunel drążyły dwie firmy: galicyjska i węgierska. Podczas prac przy jego budowie miały miejsce liczne wypadki. Świadkiem budowy tunelu był poeta Iwan Franko, który opisał to w swoim dziele pt.”Kameniara". Tędy też przybył do Galicji bohater powieści Jaroslava Haszka-Dobry Wojak Szwejk.

W dwudziestoleciu międzywojennym
W okresie międzywojennym Łupków liczył ponad 700mieszkańców, w tym ok. 550 Rusinów, 100 Polaków i 50 Żydów. W tym okresie wieś zaczęła spełniać rolę letniska i zimowiska. W pobliżu stacji PKP ulokowane zostało schronisko turystyczne. Obok osiedla kolejarskiego wybudowano kilka nowych domów, sklep i restaurację.

II wojna światowa
Podczas II wojny światowej ludność żydowska Łupkowa została wymordowana, a Łemkowie  wywiezieni do USRR i w ramach Akcji Wisła na ziemie odzyskane. W rezultacie miejscowość opustoszała.

Tunel pod Przełęczą Łupkowską, stanowiący wojskowy punkt strategiczny, był podczas II wojny światowej niszczony dwukrotnie. Pierwszy raz na początku września 1939 r. przez polskich saperów w celu usprawnienia obrony granicy i uniemożliwienia, w razie odwrotu, szybkiego przerzutu wojsk i sprzętu drogą kolejową przez wroga. Drugie wysadzenie tunelu miało miejsce jesienią 1944 r. przez Niemców podczas odwrotu z tych terenów pod naporem Armii Czerwonej. Magistrala ta miała duże znaczenie dla Armii Radzieckiej, gdyż tą drogą otrzymywała ona zaopatrzenie i posiłki dla wojska. Zapadła więc decyzja o jej odbudowie. Nie było czasu na odbudowę tunelu, więc tory kolejowe przeprowadzono grzbietem wzniesienia, pod którym znajdował się wysadzony tunel. Pasmo wzniesień liczyło ok. 600 m. Tory biegły szerokim łukiem na szczyt grzbietu przełęczy, po czym spadały stromizną sięgającą 45 stopni w kierunku Medzilaborec na Słowacji. Wielką trudność sprawiało przeprowadzenie tych specyficznych transportów. W górę każdy wagon wyciągały dwie lokomotywy. Na szczycie formowano cały skład pociągu, po czym zjeżdżał on stromizną na dół, hamowany dwiema lokomotywami lub siłą hamulców. Pod koniec okresu eksploatowania przejścia zwanego przez żołnierzy „Pobiedą” hamulce pociągu nie wytrzymały, nabrał on pędu, wyskoczył z szyn i runął ze zbocza. Zapaliły się zbiorniki z benzyną, zginęło kilkunastu żołnierzy i cała obsługa pociągu. Po tym wypadku zaniechano używania „diabelskiej drogi”. Po wojnie tunel został odbudowany.

Po wojnie
W okresie Polski Ludowej w Nowym Łupkowie w 1969 r. powstał Zakład Karny wraz z przylegającym do niego gospodarstwem więziennym. Podczas Stanu Wojennego byli w nim internowani działacze "Solidarności". Jest on współcześnie jedynym czynnym zakładem pracy w miejscowości Nowy Łupków. Poprzez funkcjonujące gospodarstwa rolne oraz Zakład Karny zaczęła rozbudowywać się infrastruktura miejscowości.

Przy stacji kolejowej w Łupkowie mieściła się strażnica WOP. Została zlikwidowana po wejściu Polski do strefy Schengen. W starej części Łupkowa istniała drewniana cerkiew pw. św. Michała Archanioła z 1820 r. wraz z przyległym do niej cmentarzem. Uległa zniszczeniu w 1944 r. Na tym miejscu znajduje się dziś cerkwisko i kilka przedwojennych nagrobków.